微波殺菌設備利用了電磁場的熱效應和生物效應的共同作用的結果。通過微波對的熱效應是使蛋白質變化，使失去營養，繁殖和生存的條件而死亡。
微波殺菌設備因有：時間短、速度快；低溫殺菌保持營養成分和傳統風味；節約能源；殺菌均勻；連續可調，便于操作；工藝先進，只需具備水，電基本條件即可；設備的工作環境低、噪音小，提高了勞動條件，節省占地面積。所以可用于粉狀、顆粒、片狀等食品、藥品、營養品、糧食制品、農副產品、牛肉、肉脯、方便面、速食品、米粉的干燥、殺菌，杏仁、花生、紅棗、桃仁、板栗的烘烤、膨化、殺菌、脫皮，醬菜、鹵味等。